ويتولى المجلس الوزاري للهيئة وضع السياسات والتوجهات الخاصة بها واعتماد ميزانيتها وسياساتها الفنية. ويتشكل المجلس الوزاري من الوزراء المسئولين عن شئون البيئة في الدول الأعضاء، ويعقد اجتماعه الوزاري بشكل دوري مرة في كل عامين في مقر الهيئة أو في أي مكان آخر تحدده لوائح المجلس أو قراراته، على أن يسبقه الاجتماع التحضيري لنقاط الاتصال لمراجعة وصياغة القرارات قبل عرضها على المجلس، وتسند رئاسة المجلس لكل من الأطراف المتعاقدة بالدور حسب الترتيب الهجائي لأسمائها.

يرأس الأمين العام جهاز الامانة العامة للهيئة ويقوم بإدارة المهام المنصوص عليها في اتفاقية جدة الخاصة بشئون هذه الاتفاقية وبروتوكولاتها وملاحقها وخطط عملها وأعمال الأمانة العامة وفقاً لما يقرره المجلس، وتضم الأمانة العامة للهيئة خبراء متخصصين يقمون بتنفيذ الأعمال اليومية وتنسيق البرامج مع دول الإقليم من خلال نقاط الاتصال الوطنية.